Die Spree diente auch ohne Ausbau dem Transport von Lasten für gewerbliche Zwecke. Bereits im 13. Jahrhundert transportierten Kaufleute ihre Waren auch auf dem Wasserwege, damals vor allem Getreide und Holz. Die Erfindung der Schleuse machte dann auch den Bau von Kanälen möglich, die Wasserscheiden überwanden. Die erste Berliner Schleuse entstand 1550 zur Umgehung des im 13. Jahrhunderts gebauten Mühlendamms. Damit war eine durchgehende Verbindung durch die Stadt mit Spree und Spreekanal geschaffen.
Unter dem Großen Kurfürsten entstand ein Kanal, der die Spree südlich von Berlin mit Frankfurt/Oder verband.
Die Wasserstraßen von und nach Berlin und in der Stadt werden zur Zeit im Rahmen der Verkehrsprojekte Deutsche Einheit (VDE) ausgebaut. Für den Einsatz größerer Güterschiffe und den Containerverkehr mit zwei Lagen übereinander muss die Brückendurchfahrtshöhe auf 5,25 m angehoben werden, das erfordert den Neubau zahlreicher Brücken der Stadt. Die Ausbaupläne für Spree und Havel wurden und werden kontrovers diskutiert, weil sie mit erheblichen Eingriffen in die Uferbereiche verbunden sind. Auch die Spree-Oder-Wasserstraße wird gegenwärtig saniert und ausgebaut. Übef die Pläne im Detail gibt die Internetseite des Wasserstraßen-Neubauamtes Berlin Auskunft:
www.wna-berlin.de 
